La historia de la Sociedad Deportiva Logroñés se inicia el 18 de enero de 2009 tras la segunda incomparecencia y exclusión del Club Deportivo Logroñés de la Liga al no poder afrontar los pagos comprometidos. La afición, al quedarse huérfana de su club de toda la vida, se puso en marcha y un grupo de socios del CDL comenzó a reunirse en la puerta cero del Campo Municipal de Las Gaunas con el fin de debatir sobre lo acontecido y de comenzar a sentar las bases de lo que será un nuevo club de fútbol que aglutine la ilusión y la pasión por el deporte rey.

De ese nutrido grupo de aproximadamente 60 personas, surgió otro de quince que constituyó la Plataforma Puerta Cero que coordinaría todo el trabajo de gestación y creación de este nuevo club de fútbol. Para el mes de abril de 2009, la Plataforma Puerta Cero consiguió 500 firmas que daban el empuje social necesario para poner en marcha esta nueva ilusión por el fútbol. Reuniones con administraciones políticas, empresarios, gestores, organización de una plantilla con su cuerpo técnico, elaboración de presupuestos, continuos contactos con clubes de fútbol y empresas de ropa deportiva, iban constituyendo los pasos previos al lanzamiento de la puesta en marcha de este nuevo club.

El 15 de mayo de 2009 se realizaba la anunciada asamblea informativa por parte de la comisión gestora de la Plataforma Puerta Cero. En ella se informaba del trabajo realizado hasta la fecha y de lo que iba a acontecer en el futuro más inmediato. Entre otras cosas se informaba que para la gestación del club se tenía que ingresar una cuota de adelanto de socio de 20 euros como aval y garantía de la temporada 2009/2010, así como el derecho a formar parte de la primera asamblea del club en la que se decidiría el nombre, los colores y el escudo de la nueva entidad.

Esta histórica asamblea de socios, la primera del club, se celebró el 4 de junio de 2009, fecha considerada como el día del nacimiento de la Sociedad Deportiva Logroñés, nombre que eligieron los socios de la entidad para su club. A la vez, la asamblea de socios proclamaba a su primera junta directiva como gobierno siendo Rafael Álvarez su primer presidente. Se dieron por válidos los estatutos de la entidad y se eligieron los colores blanquirrojos para la equipación así como el escudo que portarían en el pecho los jugadores de la SD Logroñés.

En días siguientes se anunció la contratación de Alejandro Fernández como primer entrenador de la SD Logroñés y su sede en un local del Centro Comercial Berceo de Logroño. Así mismo, a lo largo del verano de 2009 comenzaron las contrataciones de los jugadores de la primera plantilla de la historia: Picote, Gonzalo, Cuezva, Fidel, Dani Fernández, Edu Rincón, Félix Ferrer, Miguel Ledo, Corzana, Nacho Pérez, Rivas, Miguel Domínguez (último capitán del CDL), Cameros, Ismael, Chimbo, Álvaro Iglesias, Moisés, Esaúl, Jorge Herreros y Javi Gómez fueron los héroes a los que no les importó “bajar” a Regional confiando en el nuevo proyecto futbolístico de Logroño.

El primer partido, amistoso de pretemporada, de la SD Logroñés en su corta historia fue en Arnedo ante el equipo local. La SD Logroñés venció por 0-4 siendo Esaúl Pérez el primer jugador en marcar un gol. Y pocos días después se celebró en Las Gaunas el partido de presentación ante el Deportivo Alavés y ante más de dos mil personas en las gradas. El resultado de 1-2 en contra fue lo de menos, lo importante fue la gran imagen realizada por nuestros jugadores en el primer partido serio de la pretemporada. Tras concluir esta, la Liga de Regional Preferente comenzó el 30 de junio en Alfaro ante el Ciudad de Alfaro, un rival siempre difícil. El resultado final fue premonitorio de cara a la temporada: 1-4 a favor de la SD Logroñés. La jornada siguiente visitaba Las Gaunas uno de los rivales por el ascenso de la SD Logroñés: la UDL B. Victoria clara de los nuestros por 3-1 y a seguir soñando con hacer cosas grandes.

La temporada 2009/2010 de Regional Preferente se convirtió en histórica para el fútbol riojano merced a los espectaculares resultados de la Sociedad Deportiva Logroñés. 40 partidos jugados, 39 partidos ganados y tan solo un empate ante, precisamente, la UDL B. Entre medias cabe destacar partidos como el del Bañuelos en Las Gaunas (10-0) o el del Ciudad de Alfaro en el mismo campo (9-3).

A mediados del mes de marzo, el presidente de la entidad, Rafael Álvarez, presentó su dimisión al no creer en el proyecto Sociedad Deportiva Logroñés. Comenzaba así un proceso electoral que dio a Eduardo Guerra como nuevo presidente de la Sociedad Deportiva Logroñés en la única candidatura que se presentó. Antes, la Junta Gestora convocó a sus socios a un referéndum sobre la fusión del club, y posterior desaparición de la SD Logroñés, con la Unión Deportiva Logroñés, siendo el resultado definitivo a favor del no en un 75% de los votos.

La mayor alegría de la temporada llegó el 4 de abril de 2010 al ganar al UF Rioja en el Campo de La Ribera por 1-2. Este resultado y los tres puntos dieron el ascenso automático a Tercera División a la SD Logroñés.

El 17 de junio, la SD Logroñés celebraba su asamblea anual en la que se informaba del balance de cuentas de la temporada y arrojaba un superávit de poco más de mil euros. En la misma, se anunciaba el acuerdo con el Club Deportivo La Estrella para convertirse el equipo de la barriada en el equipo filial de la SD Logroñés.

En el capítulo de altas y bajas, el cuerpo técnico renovaba por una temporada más mientras que había ligeros cambios en la composición de la plantilla. Cuezva, Dani Fernández, Edu Rincón, Félix Ferrer, Nacho, Rivas, Moisés y Cameros causaron baja en el club, pero por otro lado, se realizaron las siguientes contrataciones: Pisón, Sola, Yécora, Luigi, Maño, Salazar, Olavarrieta, Chino, Olave y Álex Díez.

En el verano de 2010, la SD Logroñés se veía obligada a cambiar de campo de juego y a dejar de jugar en el que hasta ese momento era el suyo (Las Gaunas) como exigencia del Ayuntamiento de Logroño ante los enormes gastos que generaba al ser compartido con el otro club de la ciudad, que pidió tenerlo en exclusividad. El nuevo campo donde iba a tener que jugar sus partidos la SD Logroñés es el Mundial 82 de Logroño. Sin embargo, el 4 de agosto la SD Logroñés disputó su partido de presentación ante la Sociedad Deportiva Huesca causando los de Alejandro Fernández una excelente impresión pese a la derrota por 1-4.

La Liga Regular comenzaba el 29 de junio de 2010 ante el CD Cenicero en las instalaciones del Mundial 82. El resultado final hacía por primera vez en la historia y en tan solo una jornada líder a la SD Logroñés: 7-0 con tres goles de Alvarito Iglesias. Sin embargo, la Tercera división no es como Regional Preferente. La Sociedad Deportiva Logroñés transita entre los puestos altos de Tercera destacando las victorias ante la UDL B en casa o ante el CD Varea y Anguiano como visitantes.

A finales de enero de 2011, la Junta Directiva del club destituyó a Alejandro Fernández debido al mal juego del equipo y a la inercia que habían tomado resultados poco esperanzadores. Su puesto fue cubierto por el mítico exjugador del CDL y del Atlético de Madrid, Agustín Abadía presentando hasta la fecha numerosas victorias que han aupado a la Sociedad Deportiva Logroñés al liderato de la clasificación en pos del play off de ascenso a Segunda División B.

En los primeros días de marzo, la Sociedad Deportiva Logroñés anunciaba lo que era un hecho oficial desde el nacimiento del club: la posesión para sus socios de las marcas y señas de identidad del Club Deportivo Logroñés, en poder hasta entonces de Fernando Villamor.

La liga regular de la temporada 2011/2011 terminó con la SD Logroñés en segunda posición igualado a puntos con un inconmensurable Náxara que realizó una segunda vuelta espectacular. Con este puesto, la SD Logroñés se clasificaba por primera vez a una promoción de ascenso a Segunda División B. En primera ronda el sorteo deparó un enfrentamiento con el Atlético Granadilla canario siendo el partido de vuelta en el Mundial 82. El resultado en tierras canarias fue de 0-1 con un gol de Luigy. Al viaje a Tenerife se apuntaron nada menos que 60 aficionados de la SDL. El encuentro de vuelta fue más sufrido de lo esperado ya que al tanto de Olavarrieta siguió el del empate que puso contra las cuerdas el progreso blanquirrojo en esta fase de ascenso. Precisamente fue Olavarrieta el que logró igualar la contienda en el encuentro de ida de la segunda ronda del play off de ascenso tres minutos después de que marcara el Villaviciosa de Odón ante la mirada de 400 seguidores blanquirrojos. El de vuelta fue un partido épido ya que el equipo madrileño consiguió adelantarse en el marcador. Los tantos de Omar y Jorge Herreros sirvieron para alcanzar la última y definitiva ronda. El sorteo dio como lugar la eliminatoria Segoviana - SD Logroñés siendo la vuelta en Logroño. El primer encuentro fue muy duro ante una Segoviana de mucha calidad, sin embargo, un solitario gol de Esaúl al segundo palo dio infinitas esperanzas de un ascenso que finalmente no llegó. El centrocampista Anel, con sus tres goles, destrozó los sueños de la SD Logroñés y una temporada más continuará en Tercera División.

La temporada 2011/2012 se inicia con las bajas de Maño, Luigy, Álex Díez, Chimbo, Fidel, Corzana, Ismael, Javi Alonso, Romero y Javi Gómez. A su vez, se produjeron los fichajes de Metola, Gerardo, Adrián Gallego, Pitu, Urko, Edu Martín, Hierro e Iván Moreno. La liga comienza el 4 de septiembre ante la Oyonesa en el Mundial 82 con victoria clara por 2-0 goles de Olavarrieta y Jorge Herreros, los dos pichichis del equipo en esta temporada. Este curso va a destacar por dos hitos históricos para la entidad. El primero es el segundo título oficial logrado por la SD Logroñés al vencer al Náxara en la final de la Copa Federación en su fase riojana. El segundo hito es el de tratarse el último equipo en España de todas las categorías nacionales en conocer la derrota, derrota que llegó en Viana ante el equipo local el 28 de abril de 2012. La SD Logroñés se proclamó campeona de liga el 6 de mayo del mismo año al vencer en Pradejón 0-3. El campeonato otorgaba a la SD Logroñés una doble oportunidad de ascenso a Segunda División B y el derecho de disputar la siguiente edición de la Copa de su Majestad el Rey.

Una vez conseguida matemáticamente el primer puesto, se hizo oficial el regreso de la SD Logroñés al que fue su primer campo debido a la ruptura del convenio de uso y mantenimiento de Las Gaunas del equipo que lo poseía en exclusividad.

Ello conllevaba que el equipo blanquirrojo pudiera disputar la promoción de ascenso a Segunda División B en este campo y en las siguientes temporadas en el caso de militar en la categoría de bronce del fútbol español.

El sorteo de promoción de ascenso a Segunda División B emparejó a SD Logroñés con el Peña Sport de Tafalla siendo el primer partido en Logroño. En un encuentro histórico, la SD Logroñés venció en la ida por 4-0 siendo los goleadores Jorge Herreros por dos veces, Esaúl y Yécora de penalti. A Las Gaunas acudieron más de tres mil personas que vibraron con el excelente partido de los de Agustín Abadía. Con el resultado de la ida parecía que ya estaba todo hecho, sin embargo, la SD Logroñés tuvo que sufrir mucho para lograr el acenso, ya que a falta de 15 minutos para acabar el partido, el equipo blanquirrojo perdía por 3-0. Fueron unos minutos de nervios y mucho sufrimiento, aunque para alegría de los riojanos hubo un final feliz, ya que el marcador no se movió más y asi la SD Logroñés pudo conseguir el ascenso a Segunda División B, toda una proeza, ya que en tres años desde su nacimiento, el equipo ha alcanzado la categoría de bronce del fútbol español.

En la temporada 2012-13, la SD Logroñés debutó en Segunda División B con una plantilla que mantenía a gran parte de los que consiguieron el ascenso. A pesar de las múltiples lesiones que sufrieron los jugadores, el equipo supo levantarse y terminar la temporada en un meritoso décimo puesto. Esta temporada también cabe destacar el debut en Copa del Rey, en el que tocó medirse a un solo partido a la UD Logroñés SAD. El marcador fue favorable a la SD Logroñés por 2-1 con goles de Olavarrieta y Javi Torres. El equipo cayó derrotado en la segunda ronda en su desplazamiento a Lucena. En el campeonato liguero, el equipo acaba en un meritoso décimo puesto.

Después de una gran temporada, la de 2012/2013, la SD Logroñés se presentaba de nuevo en la categoría de bronce con el objetivo de seguir superando registros y de mejorar lo realizado el curso anterior. Tras unas jornadas con resultados positivos en las que se transitó incluso en los primeros puestos, la primera vuelta se cerraba en lugares de permanencia en la categoría. Las Gaunas registraba grandes entradas en encuentros de entidad como ante el Real Oviedo, Racing de Santander o Burgos CF. Sin embargo, una mala segunda vuelta en la que se obtuvo un botín de tan solo doce puntos dio con la SD Logroñés en puesto de descenso al terminar la temporada. Aunque dependía de sí mismo, la SD Logroñés cayó derrotada en Ourense por un contundente 3-0. Se da la circunstancia de que para el conjunto gallego se trató del último encuentro de su historia ya que sería liquidado apenas unas semanas después.

Con el equipo en Tercera, la junta directiva optó por la renovación y afianzamiento de tanto de la plantilla como de su fútbol base. Mientras que la cantera crecía a pasos agigantados (150 jugadores), la SD Logroñés contrataba a Raúl Llona para el primer equipo y firmaba a una plantilla prácticamente riojana con el objetivo de un nuevo ascenso a Segunda División B. Tras una temporada, la 2014/2015, rondando el liderato del grupo XVI de Tercera, el equipo blanquirrojo se desinfló en las últimas jornadas hasta terminar en tercer lugar. En la promoción de ascenso, la SD Logroñés eliminó en la primera ronda al Cerceda gallego por un contundente 7-1. En la segunda eliminatoria se eliminó al campeón catalán y uno de lo equipos más difíciles, el Ascó. El empate a uno en la ida y el empate a uno en la vuelta llevó a ambos conjuntos a decidir el pase en los penaltis siendo el equipo riojano el vencedor. En la última y definitiva eliminatoria, el histórico Arenas de Getxo consiguió el ascenso venciendo en ambos encuentros.

La temporada 2015/2016, de nuevo en Tercera División y de nuevo como favorito, empezó con inmejorables noticias. El fútbol base continuaba su crecimiento (250 jugadores) convirtiéndose ya en una referencia en La Rioja. Por otro lado, el primer equipo conseguía la Copa Federación en su fase autonómica al vencer a Vianés, Náxara y Calahorra en la final. En la fase nacional quedaba exento en la primera ronda y caería eliminado en octavos de final ante la Gimnástica de Torrelavega. En la liga mantuvo una dura pugna con el Calahorra por el liderato del grupo cediendo el mismo a tan solo dos jornadas para el final. Por último, la masa social volvía a la senda de crecimiento con cerca del millar de socios.