La historia de la Sociedad Deportiva Logroñés se inicia el 18 de enero de 2009 tras la segunda incomparecencia y exclusión del Club Deportivo Logroñés de la Liga al no poder afrontar los pagos comprometidos. La afición, al quedarse huérfana de su club de toda la vida, se puso en marcha y un grupo de socios del CDL comenzó a reunirse en la puerta cero del Campo Municipal de Las Gaunas con el fin de debatir sobre lo acontecido y de comenzar a sentar las bases de lo que será un nuevo club de fútbol que aglutine la ilusión y la pasión por el deporte rey.

De ese nutrido grupo de aproximadamente 60 personas, surgió otro de quince que constituyó la Plataforma Puerta Cero que coordinaría todo el trabajo de gestación y creación de este nuevo club de fútbol. Para el mes de abril de 2009, la Plataforma Puerta Cero consiguió 500 firmas que daban el empuje social necesario para poner en marcha esta nueva ilusión por el fútbol. Reuniones con administraciones políticas, empresarios, gestores, organización de una plantilla con su cuerpo técnico, elaboración de presupuestos, continuos contactos con clubes de fútbol y empresas de ropa deportiva, iban constituyendo los pasos previos al lanzamiento de la puesta en marcha de este nuevo club.

El 15 de mayo de 2009 se realizaba la anunciada asamblea informativa por parte de la comisión gestora de la Plataforma Puerta Cero. En ella se informaba del trabajo realizado hasta la fecha y de lo que iba a acontecer en el futuro más inmediato. Entre otras cosas se informaba que para la gestación del club se tenía que ingresar una cuota de adelanto de socio de 20 euros como aval y garantía de la temporada 2009/2010, así como el derecho a formar parte de la primera asamblea del club en la que se decidiría el nombre, los colores y el escudo de la nueva entidad.

Esta histórica asamblea de socios, la primera del club, se celebró el 4 de junio de 2009, fecha considerada como el día del nacimiento de la Sociedad Deportiva Logroñés, nombre que eligieron los socios de la entidad para su club. A la vez, la asamblea de socios proclamaba a su primera junta directiva como gobierno siendo Rafael Álvarez su primer presidente. Se dieron por válidos los estatutos de la entidad y se eligieron los colores blanquirrojos para la equipación así como el escudo que portarían en el pecho los jugadores de la SD Logroñés.

En días siguientes se anunció la contratación de Alejandro Fernández como primer entrenador de la SD Logroñés y su sede en un local del Centro Comercial Berceo de Logroño. Así mismo, a lo largo del verano de 2009 comenzaron las contrataciones de los jugadores de la primera plantilla de la historia: Picote, Gonzalo, Cuezva, Fidel, Dani Fernández, Edu Rincón, Félix Ferrer, Miguel Ledo, Corzana, Nacho Pérez, Rivas, Miguel Domínguez (último capitán del CDL), Cameros, Ismael, Chimbo, Álvaro Iglesias, Moisés, Esaúl, Jorge Herreros y Javi Gómez fueron los héroes a los que no les importó “bajar” a Regional confiando en el nuevo proyecto futbolístico de Logroño.

El primer partido, amistoso de pretemporada, de la SD Logroñés en su corta historia fue en Arnedo ante el equipo local. La SD Logroñés venció por 0-4 siendo Esaúl Pérez el primer jugador en marcar un gol. Y pocos días después se celebró en Las Gaunas el partido de presentación ante el Deportivo Alavés y ante más de dos mil personas en las gradas. El resultado de 1-2 en contra fue lo de menos, lo importante fue la gran imagen realizada por nuestros jugadores en el primer partido serio de la pretemporada. Tras concluir esta, la Liga de Regional Preferente comenzó el 30 de junio en Alfaro ante el Ciudad de Alfaro, un rival siempre difícil. El resultado final fue premonitorio de cara a la temporada: 1-4 a favor de la SD Logroñés. La jornada siguiente visitaba Las Gaunas uno de los rivales por el ascenso de la SD Logroñés: la UDL B. Victoria clara de los nuestros por 3-1 y a seguir soñando con hacer cosas grandes.

La temporada 2009/2010 de Regional Preferente se convirtió en histórica para el fútbol riojano merced a los espectaculares resultados de la Sociedad Deportiva Logroñés. 40 partidos jugados, 39 partidos ganados y tan solo un empate ante, precisamente, la UDL B. Entre medias cabe destacar partidos como el del Bañuelos en Las Gaunas (10-0) o el del Ciudad de Alfaro en el mismo campo (9-3).

A mediados del mes de marzo, el presidente de la entidad, Rafael Álvarez, presentó su dimisión al no creer en el proyecto Sociedad Deportiva Logroñés. Comenzaba así un proceso electoral que dio a Eduardo Guerra como nuevo presidente de la Sociedad Deportiva Logroñés en la única candidatura que se presentó. Antes, la Junta Gestora convocó a sus socios a un referéndum sobre la fusión del club, y posterior desaparición de la SD Logroñés, con la Unión Deportiva Logroñés, siendo el resultado definitivo a favor del no en un 75% de los votos.

La mayor alegría de la temporada llegó el 4 de abril de 2010 al ganar al UF Rioja en el Campo de La Ribera por 1-2. Este resultado y los tres puntos dieron el ascenso automático a Tercera División a la SD Logroñés.

El 17 de junio, la SD Logroñés celebraba su asamblea anual en la que se informaba del balance de cuentas de la temporada y arrojaba un superávit de poco más de mil euros. En la misma, se anunciaba el acuerdo con el Club Deportivo La Estrella para convertirse el equipo de la barriada en el equipo filial de la SD Logroñés.

En el capítulo de altas y bajas, el cuerpo técnico renovaba por una temporada más mientras que había ligeros cambios en la composición de la plantilla. Cuezva, Dani Fernández, Edu Rincón, Félix Ferrer, Nacho, Rivas, Moisés y Cameros causaron baja en el club, pero por otro lado, se realizaron las siguientes contrataciones: Pisón, Sola, Yécora, Luigi, Maño, Salazar, Olavarrieta, Chino, Olave y Álex Díez.

En el verano de 2010, la SD Logroñés se veía obligada a cambiar de campo de juego y a dejar de jugar en el que hasta ese momento era el suyo (Las Gaunas) como exigencia del Ayuntamiento de Logroño ante los enormes gastos que generaba al ser compartido con el otro club de la ciudad, que pidió tenerlo en exclusividad. El nuevo campo donde iba a tener que jugar sus partidos la SD Logroñés es el Mundial 82 de Logroño. Sin embargo, el 4 de agosto la SD Logroñés disputó su partido de presentación ante la Sociedad Deportiva Huesca causando los de Alejandro Fernández una excelente impresión pese a la derrota por 1-4.

La Liga Regular comenzaba el 29 de junio de 2010 ante el CD Cenicero en las instalaciones del Mundial 82. El resultado final hacía por primera vez en la historia y en tan solo una jornada líder a la SD Logroñés: 7-0 con tres goles de Alvarito Iglesias. Sin embargo, la Tercera división no es como Regional Preferente. La Sociedad Deportiva Logroñés transita entre los puestos altos de Tercera destacando las victorias ante la UDL B en casa o ante el CD Varea y Anguiano como visitantes.

A finales de enero de 2011, la Junta Directiva del club destituyó a Alejandro Fernández debido al mal juego del equipo y a la inercia que habían tomado resultados poco esperanzadores. Su puesto fue cubierto por el mítico exjugador del CDL y del Atlético de Madrid, Agustín Abadía presentando hasta la fecha numerosas victorias que han aupado a la Sociedad Deportiva Logroñés al liderato de la clasificación en pos del play off de ascenso a Segunda División B.

En los primeros días de marzo, la Sociedad Deportiva Logroñés anunciaba lo que era un hecho oficial desde el nacimiento del club: la posesión para sus socios de las marcas y señas de identidad del Club Deportivo Logroñés, en poder hasta entonces de Fernando Villamor.